Đối với quản lý các khu vực Mông Cổ, một văn phòng được thành lập, được gọi là Monggol jurgan ở Mãn Châu. Đến năm 1638 nó đã được đổi tên thành Lệ Phan Nguyên, mặc dù nó đôi khi được dịch sang tiếng Anh là "Tòa án thuộc địa" hoặc "Hội đồng quản trị khu vực xa xôi". Văn phòng này báo cáo với hoàng đế nhà Thanh và chịu trách nhiệm không chỉ cho việc quản lý Nội Mông và bên ngoài, mà còn giám sát các cuộc hẹn của các Amban ở Tây Tạng và Tân Cương, cũng như quan hệ với Nga. Ngoài công việc hằng ngày, văn phòng cũng đã chỉnh sửa các đạo luật riêng và một bộ luật cho Ngoại Mông.

Không giống như Tây Tạng, Ngoại Mông trong thời nhà Thanh không có bất kỳ chính phủ bản địa tổng thể. Ở Mông Cổ, đế chế duy trì sự hiện diện của nó thông qua các lực lượng quân sự nhà Thanh dọc theo biên giới phía nam và đông của Mông Cổ, và khu vực này đang bị kiểm soát chặt chẽ. Ở Ngoại Mông, toàn bộ lãnh thổ thuộc về thẩm quyền kỹ thuật của thống đốc quân đội Uliastai, một trụ chỉ do nhà Thanh nắm giữ mặc dù trong thực tế vào đầu thế kỷ 19, Amban ở Urga giám sát phía đông của khu vực, các bộ lạc hoặc các khu vực của Tushiyetu Khan và Sechen Khan, trái với của Sayin Noyan Khan và Jasaghtu Khan nằm ở phía tây, dưới sự giám sát của thống đốc tại Uliastai. Trong khi thống đốc quân đội của Uliastai ban đầu có thẩm quyền trực tiếp đối với khu vực xung quanh Kobdo ở miền tây Ngoại Mông, khu vực sau này đã trở thành một vị trí quản lý độc lập. Chính quyền nhà Thanh đã điều hành cả Nội Mông và Mông Cổ bên ngoài theo Quy chế thu thập của nhà Thanh (Đinh Thanh Huệ Điền) và tiền lệ của họ. Chỉ trong những tranh chấp nội bộ, những người Ngoại Mông hay Khalkha mới được phép giải quyết những bất đồng theo Quy tắc Khalkha truyền thống. Đối với Mãn Châu, liên kết với Mông Cổ là bằng võ thuật và quân sự. Nguyên là "chủ thể ưu tiên", người Mông Cổ có nghĩa vụ phải giúp đỡ triều đình nhà Thanh trong việc chinh phục và đàn áp nổi loạn khắp đế quốc. Quả thật, trong suốt triều đại, cơ cấu quyền lực quân sự nhà Thanh đã thu hút rất nhiều lực lượng Mông Cổ để bảo đảm an toàn của đất nước và mở rộng đế quốc.

Xã hội Mông Cổ chủ yếu bao gồm hai tầng lớp, các quý tộc và thường dân. Tất cả các thành viên của tầng lớp quý tộc Mông Cổ đều có một tầng lớp trong tầng lớp quý tộc của nhà Thanh, và có 10 cấp bậc trong tổng số, trong khi chỉ có các hoàng tử nổi tiếng cai trị với quyền lực tạm thời. Để thừa nhận sự liên kết của họ với triều đại nhà Thanh, các hoàng tử lân cận đã cống nạp hàng năm bao gồm các mặt hàng cụ thể cho Hoàng đế. Đổi lại, họ sẽ nhận được những món quà của đế quốc và vì vậy nhà Thanh không coi đó là một gánh nặng về kinh tế. Người dân Mông Cổ, mặt khác, là những đối tượng biểu tượng có trách nhiệm đóng thuế và làm lao dịch cho các hoàng tử của họ cũng như chính quyền nhà Thanh. Mỗi người đều thuộc một mảnh đất mà họ không thể bỏ đi nếu không có sự cho phép của các hoàng tử, người đã cho phép chăn thả trên cánh đồng của mình phù hợp với số nam giới trưởng thành chứ không phải là tỷ lệ số gia súc chăn thả.

Vào cuối thế kỷ thứ mười tám, du mục người Mông Cổ đã bị phân rã đáng kể. Những ngày của xưa của quyền lực du mục và độc lập đã biến mất. Bên cạnh lợi thế về công nghiệp và kỹ thuật của Trung Quốc trên thảo nguyên, có ba yếu tố chính kết hợp để tăng cường sự suy giảm sức mạnh quân sự một thời vinh quang của Mông Cổ và sự suy tàn của nền kinh tế du mục. Đầu tiên là đơn vị hành chính của các vùng đất biểu tượng, mà nhà Thanh sử dụng để phân chia người Mông Cổ và cắt đứt các đường truyền thống của bộ lạc; không có hoàng tử nào có thể mở rộng và giành được quyền lực vượt trội, và mỗi một vùng đất biểu tượng riêng biệt đều chịu trách nhiệm trực tiếp với chính quyền nhà Thanh. Nếu một hoàng tử hoàng tử làm rắc rối, chính quyền nhà Thanh có quyền miễn nhiệm anh ta ngay lập tức mà không cần lo lắng về dòng dõi của anh ta. Yếu tố quan trọng thứ hai trong việc thuần hoá Mông Cổ một thời là một trường phái "Mũ vàng" của Phật giáo Tây Tạng. Các tu viện và lạt ma dưới thẩm quyền của cư sĩ lạt ma sinh tại thủ đô Bắc Kinh đã được miễn thuế và dịch vụ và được hưởng nhiều đặc ân. Chính quyền nhà Thanh muốn buộc người Mông Cổ vào đế quốc và chính quyền nhà Thanh đã hòa hợp với lý thuyết tôn giáo Trung Quốc trong chừng mực mà tình cảm Mông Cổ cho phép. Ví dụ, thần chiến tranh Trung Quốc, Quan Vũ, giờ đây đã được đánh đồng với một nhân vật được xác định từ lâu với anh hùng dân tộc Tây Tạng và Mông Cổ Geser Khan. Trong khi dân số Mông Cổ đang co lại, số lượng các tu viện đang tăng lên. Ở cả Nội Mông và Ngoại Mông, khoảng một nửa số nam giới trở thành tăng sĩ, thậm chí còn cao hơn Tây Tạng, chỉ có khoảng một phần ba nam giới là tu sĩ. Yếu tố thứ ba trong sự suy thoái kinh tế và xã hội của Mông Cổ là sự gia tăng của yếu tố trước đó. Việc xây dựng các tu viện đã mở rộng đến Ngoại Mông sự thâm nhập của thương mại Trung Quốc. Trước đây, Mông Cổ trao đổi nội địa ít hơn trao đổi phi thị trường ở quy mô tương đối hạn chế, và không có lớp thương gia Mông Cổ. Các tu viện đã giúp đỡ rất nhiều cho các thương nhân Hán để thiết lập sự kiểm soát thương mại của họ trên khắp Mông Cổ và giúp họ tiếp cận trực tiếp với thảo nguyên. Trong khi các thương gia Hán thường kích động sự tức giận của các tu viện và giáo dân vì một vài lý do, hiệu quả ròng của vai trò của các tu viện là sự hỗ trợ cho thương mại của Trung Quốc. Tuy nhiên, đế chế đã có những nỗ lực khác để hạn chế hoạt động của các thương nhân Hán như việc thực hiện việc cấp phép hàng năm, bởi vì chính sách của nhà Thanh đã làm cho Mông Cổ trở thành căn cứ quân sự và người ta cho rằng sự thâm nhập thương mại của người Hán sẽ làm suy yếu mục tiêu này, mặc dù trong nhiều trường hợp những nỗ lực như vậy có ít ảnh hưởng.

Nửa đầu của thế kỷ 19 đã chứng kiến ​​thời hoàng kim của nhà Thanh. Cả Nội Mông và Ngoại Mông tiếp tục cung cấp quân đội nhà Thanh với kỵ binh, mặc dù chính phủ đã cố gắng giữ cho những người Mông Cổ bên ngoài cuộc chiến tranh của đế quốc trong thế kỷ đó. Kể từ khi triều đại đặt Mông Cổ dưới sự kiểm soát của nó, chính phủ không còn sợ họ nữa. Đồng thời, khi chính quyền Mãn Châu ngày càng trở nên trật tự và áp lực dân số ở Trung Quốc đã xuất hiện, triều đại bắt đầu từ bỏ các nỗ lực trước đó nhằm ngăn chặn sự thâm nhập thương mại của người Hán ở vùng thảo nguyên. Xét cho cùng, sự thâm nhập kinh tế của người Hán phục vụ lợi ích của triều đại, bởi vì nó không chỉ cung cấp hỗ trợ cho bộ máy hành chính Mông Cổ của chính phủ mà còn bó buộc Mông Cổ chặt chẽ hơn với phần còn lại của đế quốc. Các nhà quản lý nhà Thanh, tăng cường liên kết với các công ty thương mại Hán, đã ủng hộ mạnh mẽ thương mại Trung Quốc. Có ít người Mông Cổ bình thường, những người vẫn ở trong vùng đất biểu tượng và tiếp tục cuộc sống của họ như những người chăn gia súc, có thể làm gì để tự bảo vệ mình chống lại các vụ tấn công ngày càng tăng mà các hoàng tử, tu viện, và chủ nợ Hán áp đặt lên họ, và những người chăn cừu thông thường ít có tài và phí. Vào thế kỷ 19, nông nghiệp đã lan rộng ở thảo nguyên và vùng đồng cỏ đang chuyển sang sử dụng nông nghiệp ngày càng nhiều. Ngay cả trong thế kỷ 18, số lượng người Hán định cư đã bắt đầu di chuyển vào vùng thảo nguyên Nội Mông và thuê đất từ ​​các tu viện và hoàng tử trang trí làm chậm lại việc giảm diện tích chăn thả cho gia súc Mông Cổ. Trong khi sự kỳ thị của đồng cỏ theo cách này phần lớn là bất hợp pháp, thực tế vẫn không được kiểm tra. Đến năm 1852, các thương nhân người Hán đã thâm nhập sâu vào Nội Mông, và người Mông Cổ đã phải chịu các khoản nợ không thể đòi. Các tu viện đã chiếm nhiều vùng chăn thả, và các tu viện, thương gia và hoàng tử đã cho thuê đất đai đồng cỏ cho người Hán như là đất nông nghiệp, mặc dù cũng có một sự oán giận phổ biến chống lại việc áp thuế nặng nề, việc định cư của người Hán, thu hẹp đồng cỏ, cũng như nợ nần và lạm dụng của thẩm quyền của các hoàng tử biểu ngữ. Nhiều người Mông Cổ nghèo khổ cũng bắt đầu kiếm sống bằng nông trại ở vùng thảo nguyên, thuê đất nông nghiệp từ các hoàng tử của họ hay từ các chủ nhà buôn bán Hán, họ đã mua chúng để làm nông nghiệp để thanh toán nợ. Dù sao đi chăng nữa, thái độ của nhà Thanh đối với việc Trung Quốc chiếm đóng các vùng đất Mông Cổ ngày càng thuận lợi hơn dưới áp lực của các sự kiện, đặc biệt là sau sự kiện Phụ lục Amur của Nga vào năm 1860. Điều này sẽ đạt đến đỉnh cao vào đầu thế kỷ 20, dưới cái tên "Chính sách Mới "hoặc" Quản trị mới " (Tân Trương).